整体院天 院長の加藤と申します。

夜間時痛もでて睡眠の妨げになる程の肩こりということで、大変お辛い想いをされていると思います。

温めても直ぐに戻ってしまう肩こりは、肩だけの問題ではなくなっている可能性が高いと思われます。

更に夜間に痛みが出て目が覚めてしまうとなれば、内臓の問題も出てきます。(といっても内臓が悪いというわけではありません。)

デスクワークをされているとのことで、大元は体の中心部に近い筋肉にありそうですが、まずは肩甲骨からゆるませていかれると良いかと思います。
やり方は簡単で手の平を下に向けて体の横にセットします。(キューピーのポーズですね。)
次に手の平を下に向けたまま、軽く勢いをつけて両腕を後ろに持っていきます。(無理しない程度にします。)
前→後ろ→前→後ろ…という感じでバタバタさせてみてください。
少しずつ肩甲骨が動くのを感じられるかと思います。
これを１日の中で気がついたときに何度もやると軽減されていきます。

ただ、基本的にこれは筋肉がゆるんだ上でのストレッチですので、まずはお近くの整体院などで体幹周りの筋肉を中心にゆるめてもらうのをお勧めいたします。