ずんだ餅子　様

初めまして、カラダドクター整体院加須院の大井と申します。
健康を意識されて新しいことをはじめられたのは素晴らしいですね。
スクワットしてから膝の痛みが出てしまったということですが、
夜間もズキズキされていますか？
夜間もズキズキされていると膝に炎症がある状態ですので、冷やしたり、休息させてあげるのが一番です。
炎症がない様でしたら、筋肉のストレッチをしてあげてみてください。
・大腿四頭筋のストレッチ
長坐位になり、両手を後ろについて身体を支えます。片方ずつ膝を曲げ、太ももの前を20～30秒ストレッチしてあげてください。痛気持ちいぐらいで大丈夫です。負荷量が足りない様でしたら、ゆっくりと身体を後ろに倒していくと、さらにストレッチがかかります。
・ハムストリングスのストレッチ
立っている状態で、テーブルに両腕（肘から手）を置きます。膝は伸びた状態で、ゆっくりお尻を後ろに突き出す様に体重をかけていきます。太ももの後ろに伸張感があればストレッチ出来ています。

恐らく膝に負担のかかる方法でスクワットを行ってしまったのかもしれません。
膝が足先より前に出た方法だと、膝に負担がかかります。
椅子に腰かける様に、お尻を後ろにつきだす方法で行うと、股関節周囲に負荷がかかります。
また、普段から股関節や足関節のストレッチをしてあげてみてください。両関節が硬いと膝に負担がかかりやすくなりますので。
膝の痛みがなくなり、再開する際は気を付けてみてください。